Մխիթար Սեբաստացին ծնվել է 1676 թվականին Սեբաստիա քաղաքում: Իսկական անունը Մանուկ է: Կոչվել է Սեբաստացի, որովհետև Սեբաստաիա քաղաքում էր ծնվել, իսկ հին սովորության համաձայն մարդկանց կոչում էին իրենց բնակավայրի անունով:  Սկզբում սովորել է Սեբաստիայի Սուրբ Նշան, ապա Էջմիածնի, Սևանի վանքերում: 1701 թվականին Կոստանդնուպոլսում հիմնադրել է միաբանություն: 1706 թվականին Հունաստանի Մեթոն բերդաքաղաքում ձեռնամուխ է եղել վանքի կառուցման:

1717 թվականին Վենետիկի Սուրբ Ղազար կղզին շնորհվել է միաբանությանը:  Այստեղ Սեբաստացին կառուցել է եկեղեցի, բացել դպրոց: Սուրբ Ղազար կղզում նա զբաղվել է բանասիրական հետազոտական աշխատանքով, կատարել թարգմանություններ, հրատարակել գրքեր: